Les instances statuaires sont : le Conseil national (200 membres), qui se réunit au moins une fois par an, le Comité directeur (60 membres), conseil d'administration, qui se réunit au moins deux fois par an, le Bureau national (15 membres), exécutif permanent du Mouvement, qui se réunit tous les mois.

      Deux Commissions nationales du Mouvement Européen-France développent des actions auprès de publics plus spécifiques :

- Les " Jeunes Européens-France ", qui mènent des actions particulières auprès des moins de 35 ans.
- " Femmes pour l'Europe ", Commission féminine du Mouvement, qui milite en particulier pour la reconnaissance effective de l'égalité hommes-femmes en Europe.

      Le MEF est aussi une organisation décentralisée. Les sections locales (trente aujourd'hui) réparties dans toute la France permettent d'informer et de débattre sur l'Europe au plus prés des citoyens.